芽孢染色法的基本原理
芽孢又叫内生孢子（Endospore），是某些细菌生长到一定阶段在菌体内形成的休眠体，通常呈圆形或椭圆形。细菌能否形成芽孢以及芽孢的形状、芽孢在芽孢囊内的位置以及芽孢囊是否膨大等特征是鉴定细菌的依据之一。
由于芽孢壁厚、透性低、着色和脱色都较困难，当用石炭酸复红、结晶紫等进行单染时，菌体和芽孢囊着色，而芽孢囊内的芽孢不着色或仅显很淡的颜色，游离的芽孢呈淡红或淡蓝紫色的圆形或椭圆形的圈。为了使芽孢着色便于观察，常采用芽孢染色法。
芽孢染色法的基本原理：
由于细菌的芽孢和菌体对染料亲和力的不同，可以用不同的染料进行着色，使芽孢和菌体呈不同的颜色而加以区分。用一种着色力强的弱碱性染料孔雀绿，在加热条件下染色，使染料不仅进入菌体也进入芽孢内，进入菌体的染料经水洗后被脱色，而芽孢一经着色难以被水洗脱，当用对比度大的复染剂染色后，芽孢仍保留初染剂的绿色，而菌体和芽孢囊被染成复染剂的红色，使芽孢和菌体更易于区分。在显微镜下即可看到红色的菌体内包含有绿色的芽孢。