与腐蚀有关的微生物主要是细菌类，因而往往也称为细菌腐蚀。其中最主要的是直接参与自然界硫、铁循环的微生物，即硫氧化细菌、硫酸盐还原菌、铁细菌等。此外某些霉菌也能引起腐蚀。上述细菌按其生长发育中对氧的要求分嗜氧性及厌氧性两类。前者需有氧存在时才能生长繁殖，称嗜氧性细菌，如硫氧化菌（氧化硫杆菌）、铁细菌等。后者主要在缺氧条件下才能生存与繁殖，称为厌氧性细菌，如硫酸盐还原菌。

土壤中微生物引起腐蚀作用最主要的有嗜氧的硫杆菌、铁细菌和厌氧的硫酸盐还原菌。

1．硫杆菌

硫杆菌有排硫杆菌和亚铁氧化硫杆菌两种。生存环境是在含有硫及硫酸盐施肥土壤、氧化不完全的硫化物土壤、污水和海水中。例如，在地下管道附近，由于污物发酵结果产生硫代硫酸盐，排硫杆菌就在其上大量繁殖，产生元素硫。亚铁氧化硫杆菌可将元素硫氧化成硫酸，造成对金属的严重腐蚀，其最适宜的生长温度是28～30℃，pH在2.5～3.5范围。

2．铁细菌

铁细菌在自然界中分布极广，与腐蚀有关的主要是氧化铁杆菌。在中性含有机物和可溶性铁盐的水、土壤、锈层中均有这种细菌存在，主要最终腐蚀产物为氢氧化铁，其最适宜的生长温度是20～25℃，pH在7～14范围。

3．硫酸盐还原菌

硫酸盐还原菌是一类以有机物为养料的厌氧性细菌，广泛分布在土壤、海泥、海水、污水、地下管道、油井、沉积物和混凝土等处，是主要的环境污染生物指标之一。硫酸盐还原菌可以把硫酸盐还原为硫化物（如硫化氢等），对于含有硫酸盐的土壤，如果有硫酸盐还原菌存在，即使土壤中严重缺氧，腐蚀也能顺利进行，甚至比通常含氧充分时还严重。其最适宜的生长温度是25～30℃（耐热菌种可在55～65℃生长），pH在6～12范围。硫酸盐还原菌的活动性能有季节性变化，最大值在春天，且pH约为8.5时繁殖更加旺盛。

与微生物腐蚀有关的微生物除细菌外，还有真菌、霉菌和水生物。真菌能生长在多种基体上（尤其在热带），人们最熟悉的就是在皮革或其他织物上长的霉。此外，真菌还能破坏橡胶、裸露或涂漆的金属表面。多数情况下，真菌还不至于引起严重的机械性破坏，但是会影响产品的外观。真菌能产生有机酸，引起金属表面的缝隙腐蚀。在河流、湖泊和海洋中的贝类、甲壳、藻类等在其生存期间将自身紧紧地附在固体表面，这些生物的堆集，引起缝隙腐蚀，船底迅速堆集贝壳等生物会显著影响航行的速度，并增大能量消耗。同样，在换热器和其他类似设备上长满了水生物，也会严重降低传热效果和流体容量，甚至使管道完全堵塞。