什么是蛋白质的卷曲螺旋:如何预测

卷曲螺旋是通过其疏水性界面相互缠绕在一起形成的一个十分稳定的结构,是控制蛋白质寡聚化的元件,它存在与很多蛋白质中,例如转录因子、病毒融合蛋白多肽等,在中间纤维中也有很长的这样的元件。

卷曲螺旋(coiled-coil)是存在于多种天然蛋白质中的一类由两股或者两股以上α螺旋相互缠绕而形成的平行或反平行左手超螺旋结构的总称。卷曲螺旋区域一般以7个氨基酸残基为单位组成,以a、b、c、d、e、f、g位置表示,其中a和d位置为疏水性氨基酸,其他位置的氨基酸残基为亲水性。卷曲螺旋是控制蛋白质寡聚化的元件,它存在与很多蛋白质中,许多含有卷曲螺旋结构的蛋白质具有重要的生物学功能,例如基因表达调控中的转录因子、病毒融合蛋白多肽等等,在中间纤维中也有很长的这样的元件。

COILS是由Swiss EMBNet维护的预测卷曲螺旋的在线工具,其网址为http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html。该软件基于Lupas算法,在一个包含已知卷曲螺旋蛋白结构的数据库中对查询序列进行搜索,同时也将查询序列与包含球状蛋白序列的PDB次级库进行比较,并根据两个库搜索得分决定查询序列形成卷曲螺旋的概率。COILS也可以下载到本地进行运算。

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