糖基化位点的预测与识别

糖基化是真核细胞中最常见的翻译后蛋白质修饰过程之一,在生物学过程中扮演着重要的角色,它能参与免疫防御、病毒复制、细胞生长等过程。蛋白质的糖基化有N-糖基化、O-糖基化、C-甘露糖糖基化以及糖基脂酰肌醇(GPI)锚区四种类型。

其中O-糖基化参与很多细胞生化过程,诸如细胞黏附、细胞免疫、精卵结合、血液凝固以及微生物对细胞的黏附等。O-糖基化可调节细胞表面受体的表达和功能,从而影响生物细胞的生长和凋亡、胚胎发生等重要生命过程。但是O-糖基化位点的确切序列片段还不清楚,还未发现固定的模式,但是许多基于实验和计算的方法已经被应用在寻找糖基化和序列间的一致性。

NetOGlyc是由丹麦技术大学的生物序列分析中心维护的预测糖基化位点的在线工具,其网址为http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/。NetOGlyc预测哺乳动物蛋白质中的糖基化位点,通过神经网络系统对序列进行分析,最后得到一个阈值分布和相应位点的得分,可以批量提交,也可以提交fasta格式的序列或者序列文件。

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