cDNA芯片（cDNA microarray）是在1995年由美国stanford大学首先研制成功的。

cDNA芯片的制作流程：

首先通过克隆的方法获得目标cDNA序列，将其作为探针高密度固定在基质上制备cDNA芯片（探针的序列是已知的）；然后从待检测的实验细胞experimental cell）和对照细胞（control cell）中分别提取总mRNA，由于RNA本身不稳定，而cDNA保存时间较长，因此，将mRNA反转录（reverse transcription）成cDNA，并分别用红色荧光分子（Cy5）和绿色荧光分子（Cy3）进行标记；

接下来将两组cDNA样本等比例混合，在一定的实验条件下与芯片上的探针进行杂交，杂交完成后洗脱没有与探针互补结合的cDNA片段；

最后，将芯片置于黑箱中，对芯片进行激光共聚焦扫描，获得每个探针杂交后的荧光强度。如果基因在两组细胞中的表达水平相同，其扫描后的图像为黄色，如果基因在两组细胞中的表达水平不同，则扫描后的图像呈现红色或绿色，荧光强度值定量反映了基因的相对表达水平。

此外，由于cDNA芯片的探针来源于样本的cDNA克隆，因此探针的长短不一，需要的杂交条件也不同，但在进行芯片杂交时只能设定一个杂交条件，其结果可能会出现由于实验本身导致的非特异性杂交和杂交效能低等问题，因此，cDNA芯片的可靠性和重复性不是很理想。