水深较大，如超过9 m时，筑岛法很不经济，且施工也困难，可改用浮运法施工。
沉井在岸边做成，利用在岸边铺成的滑道滑入水中，然后用绳索引到设计墩位。沉井井壁可做成空体形式或采用其它措施（如带木底或装上钢气筒）使沉井浮于水上，也可以在船坞内制成用浮船定位和吊放下沉或利用潮汐，水位上涨浮起，再浮运至设计位置。
沉井就位后，用水或混凝土灌入空体、徐徐下沉直至河底。或依靠在悬浮状态下接长沉井及填充混凝土使它逐步下沉，这时每个步骤均需保证沉井本身足够的稳定性。沉井刃脚切入河床一定深度后，可按前述下沉方法施工。
当沉井深度很大，井侧土质较好时，井壁侧阻很大，通常可设置泥浆润滑套和空气幕来减小井壁的侧阻。
泥浆套辅助下沉法：该法借助泥浆泵和输送管道将特制的泥浆压入沉井外壁与土层之间，在沉井外围形成一定厚度的泥浆层，对沉井下沉起到润滑作用。
空气幕辅助下沉法：该法是通过向沿井壁四周预埋的气管中压入高压气流，在沉井周围形成一道空气帷幕，从而减小下沉阻力。