菌根是高等植物的根与某些真菌形成的共生体。根据菌丝在根中生存的部位不同，可将菌根分为三种类型。

（1）外生菌根 与根共生的真菌菌丝大部分包被在植物幼根的表面，形成白色丝状物覆盖层，只有少数菌丝侵入根的表皮和皮层的细胞间隙中，但不侵入细胞内。菌丝代替了根毛的功能，增加了根系的吸收面积。因此，具有外生菌根的根，根毛不发达，甚至完全消失；根尖变粗或成二叉分支。外生菌根多见于木本植物的根，如马尾松、油松、冷杉、白杨等树种都能形成外生菌根。

（2）内生菌根 真菌的菌丝穿过细胞壁，进入幼根的生活细胞内。在显微镜下，可以看到表皮细胞和皮层细胞内散布着菌丝。具有内生菌丝的根尖仍具根毛，很多草本植物如禾本科、兰科和部分木本植物如银杏、侧柏、五角枫、杜鹃、胡桃、桑等植物可形成内生菌根。

（3）内外生菌根 是上述两种菌根的混合型，即真菌的菌丝不仅从外面包围根尖，而且还伸入到皮层细胞间隙和细胞内部。如桦木属、柳属、苹果、草莓等植物具有内外生菌根。

真菌是低等的异养生物，当其与高等植物的根共生在一起时，即可从根细胞中吸收生活所需的营养物质，而菌丝如同根毛一样，可以从土壤中吸收水分和无机盐，并供给绿色植物利用；菌丝还能分泌多种水解酶类，促进根系周围有机物的分解，增进根部的输导作用；菌丝还可产生一些活性物质，如维生素B ₁ （硫胺素）、维生素B ₆ （吡哆类）等，促进根系发育。此外，有些真菌还有固氮作用，为植物的生长及周围土壤提供可被利用的氮素。有些树种，如马尾松、南亚松、栎等，如果缺乏菌根，就会生长缓慢甚至死亡。因此，在林业生产上，可根据造林树种，预先在根部接种适宜的真菌或事先让种子感染真菌，以使这些植物菌根发达，保证树木生长良好。