目前在控制微生物引起的腐蚀方面还没有特效的措施，处理这些问题时通常从腐蚀角度考虑比从微生物学角度考虑要多，要完全消灭腐蚀性微生物是很难实现的。原则上凡是能够抑制细菌繁殖或电化学腐蚀的措施，均有助于控制微生物腐蚀。受到条件的限制，针对具体情况，采取下述某种或同时采取几种措施来控制微生物腐蚀。

1．采用杀菌剂或抑制剂

能够杀死微生物的药剂为杀菌剂，只能使微生物处于不活动或不生长状态的药剂为抑制剂。应根据有效性、经济性、环保性等因素合理地使用杀菌剂或抑制剂。对于铁细菌等多种菌类可通氯杀灭，残留氯含量一般控制为0.1～1μg/g。铬酸盐对于抑制硫酸盐还原菌很有效，加入量约为2μg/g。

2．改善环境条件，控制细菌生长

减少细菌的有机物营养源或者除去代谢物质，就有可能控制细菌的活动。例如，控制介质的pH大于9及温度大于50℃常能有效地抑制微生物的生长。

3．使用表面涂（镀）防护层

采用金属镀层（如电镀铬）与涂层（如涂锌）或非金属涂层（如环氧树脂漆、聚乙烯涂层、呋喃树脂漆、煤焦油沥青涂层等）不仅可以隔离金属制品与腐蚀环境，还可以使金属制品表面光滑，以减少形成细菌污垢的机会。

4．使用电化学阴极保护

和涂层相结合的阴极保护，也用于防止土壤等环境中的微生物腐蚀。阴极保护使作为阴极的金属表面附近处于碱性环境，对微生物的活动有抑制作用。外加电流的阴极保护或牺牲阳极的阴极保护在地下管道和港湾设施上已得到广泛的应用。