1.SWISS-MODEL（http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html）是自动的蛋白质同源模建服务器。

程序先把提交的序列在ExPdb晶体图像数据库中搜索相似性足够高的同源序列，建立最初的原子模型，再对这个模型进行优化产生预测的结构模型。

由于比较建模程序可以具有不同的复杂性，该服务主要有以下三种方式：

（1）简捷模式（First Approach mode）：

这种模式提供一个简捷的用户界面：用户只需要输入一条氨基酸序列，服务器就会自动选择合适的模板。或者，用户也可以自己指定模板（最多5条），这些模板可以来自ExPDB模板数据库，也可以是用户选择的含坐标参数的模板文件。如果一条模板与提交的目标序列相似度大于25%，建模程序就会自动开始运行。但是，模板的可靠性会随着模板与目标序列之间相似度的降低而降低，如果相似度不到50%往往就需要用手工来调整序列比对。这种模式只能进行大于25个残基的单链蛋白三维结构预测。

（2）比对界面（Alignment Interface）：

这种模式要求用户提供两条已经比对好的序列，并指定哪一条是目标序列，哪一条是模板序列（模板序列应该对应于ExPDB模板数据库中一条已经知道其空间结构的蛋白序列）。服务器会依据用户提供的信息进行建模预测。

（3）工程模式（Project mode）：

手工操作建模过程：该模式需要用户首先构建一个DeepView工程文件，这个工程文件包括模板的结构信息和目标序列与模板序列间的比对信息。这种模式可以让用户控制许多参数，例如，模板的选择，比对中的缺口位置等。此外，这个模式也可以用于“first approach mode简捷模式”输出结果的进一步加工完善。

此外，SWISS-MODEL还具有其他两种内容上的模式：①Oligomer modeling（寡聚蛋白建模）：对于具有四级结构的目标蛋白，SWISS-MODEL提供多聚模板的模式，用于多单体的蛋白质建模。这一模式弥补了简捷模式中只能提交单个目标序列，不能同时预测两条及以上目标序列的蛋白三维结构的不足；②GPCR mode（G蛋白偶联受体模式）：是专门对7次跨膜G蛋白偶联受体的结构预测。

2.PROCARB（http://www.procarb.org/）

是一款可预测糖蛋白的软件，其包含的同源建模模块是基于同源建模的方法预测糖蛋白的三维结构。预测的过程是：首先，由于糖蛋白分为N连接糖蛋白和O连接糖蛋白，因此，分别在Swissprot数据库中查找N连接糖蛋白，在O-glycbase数据库中查找O连接糖蛋白。其次，在搜索到的糖蛋白中，选择与蛋白家族的序列相似性在30%以上的家族中的一个蛋白作为模型。在被选择的糖蛋白序列中，要求至少有一个糖基化位点是在Swissprot中存在和注释的。然后，将序列输入到3D-JIGSAW（http://bmm.cancerresearchuk.org/～3djigsaw/）服务器中对蛋白质进行建模。最后，使用CHARMm（http://www.charmm.org/）对模型进行优化。

3.Phyre

Phyre（http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre/html/index.html）主要利用折叠方式对模型进行预测，主要是针对网上数据库中没有高同源性模板的蛋白三级结构的预测。Phyre服务器是2005年发布的，其原理是基于每个蛋白特异的位点打分矩阵进行profile-profile比对。Phyre2服务器是2011年发布的，它增加了一些功能：如升级的界面，全面更新的折叠库和使用HHpred / HHsearch软件包预测同源性等。

4.其他蛋白质三维结构预测软件

目前，还有很多蛋白质三级结构常用预测软件，如CPHmodels、ESyPred3D、LOOPP、FUGUE和HMMSTR等（表4-8）。