α-螺旋结构是指蛋白质肽链骨架围绕一个轴形成的构象,是蛋白质中最常见、最典型、含量最丰富的二级结构元件(图2-3)。
图2-3 α-螺旋的结构
α-螺旋结构的特点有:
(1)肽单元围绕中心轴呈有规律右手螺旋,每3.6个氨基酸残基螺旋上升一圈,螺距为0.54nm,每个残基上升0.15nm,螺旋半径0.23nm。
(2)α-螺旋的每个肽键的N—H与相邻第四个肽键的羰基氧形成氢键(hydrogen bond),氢键的方向与螺旋长轴基本平行,肽链中的全部肽键都可形成氢键,是维持α-螺旋结构稳定的主要次级键。
(3)氨基酸侧链伸向螺旋外侧,不参与α-螺旋的形成,但其形状、大小及电荷量的多少均影响α-螺旋的形成。这种影响主要表现在以下几方面:
①极大的侧链基团:如Ile、Phe、Trp集中排列的肽段,因为存在空间位阻而妨碍了α-螺旋的形成。
②连续存在的侧链带有相同电荷的氨基酸残基:如Glu、Asp相邻排列,同种电荷的互斥效应影响了肽链内氢键的形成,不利于α-螺旋的形成。
③有Pro等亚氨基酸存在:由于其R侧链与其α-氨基成环,C α —N键不能自由旋转,所以不能形成α-螺旋所需的角度;另外,Pro残基α-氨基上没有H,因而不能形成链内氢键,影响了此处α-螺旋的形成。
④有甘氨酸存在:甘氨酸R侧链为H,因而没有约束,肽平面可以任意取向,所以形成α-螺旋的几率很小,即使形成,由于其活泼的旋转性也极不稳定。