第一，按照电子文件实际的存储位置，电子文件归档方式包括物理归档与逻辑归档。

物理归档是一种类似于传统实体文件的归档方式，业务部门把电子文件通过网络或者下载到可脱机保存的载体上，保存进电子文件管理系统（ERMS），这个系统通常由档案部门负责维护管理。逻辑归档是指具有档案价值的电子文件在归档之后仍然存储在业务系统中，通常要求将其元数据移交到电子文件管理系统中，档案部门也可以委托业务部门对这些归档文件进行保管和提供利用，并对其管理工作进行指导和监督。

第二，按照归档电子文件的传输方式，电子文件归档方式分为在线归档与离线归档。

在线归档是指通过计算机网络，将电子文件及其元数据向电子文件管理系统（档案部门）移交。逻辑归档必然是在线的。离线归档是指将电子文件及其元数据存储到可脱机存储的载体上向电子文件管理系统（档案部门）移交。当电子文件的形成系统没有在线归档功能，或者当电子文件形成机构与电子文件归档管理机构不同时，较多地采用离线归档的方式。如工程的建设方通常会在建设项目结束后将电子文件（包括纸质文件扫描后的电子版本）统一拷贝到光盘或者硬盘上向工程的业主方归档移交。