微生物的分离是指将某一特定的微生物个体（细菌、放线菌或真菌）从该群体中分离出来或从混合的微生物群体中分离出来的一种技术；微生物纯化就是在平板培养基中只让一种来自同一祖先的微生物群体生存，而其他微生物不能生长。

分离技术的关键是稀释和定向选择培养。稀释通常是指在水溶液中或在固体表面上使微生物群体被高度稀释，在单位体积或单位面积内只有一个单细胞生长，并给予营养使该细胞生长繁殖为一个新群体；选择培养即选取只适合于所要分离的目标微生物生长繁殖，而在该环境内能阻止其他种类微生物生长繁殖，以改变群体中各类微生物的比例，使目标微生物成为优势菌体，从而达到分离的目的。

分离技术中常用的方法有平板划线法、稀释平板法和涂布法。

平板划线法就是把生长繁殖在同一空间的不同微生物或同一微生物群体中的不同种属细胞，用接种针在无菌培养皿表面通过划线稀释的方式得到能基本单独分布的单个细胞，再在适宜营养条件下将其培养成能生长发育的单菌落。在微生物领域，一般将这些单菌落认作待分离微生物的纯种。

具体分离作用的原理是：

将微生物样品在无菌平板表面做“由点到线”的多次划线稀释，从而达到分离效果。但对某些特定微生物细胞，其菌落的生长繁殖并不是仅由单个细胞发育的，必须要通过多次分离纯化才能得到想要的纯菌株。稀释平板法就是将混合微生物或同一微生物群体中的不同种属细胞配制成一定量的稀释液和具有一定稀释度的菌悬液，再将其接种到无菌培养基表面，使该稀释液与培养基充分均匀混合，以充分分散样品中的微生物细胞。经过合适的条件培养后，微生物个体则由单个细胞发育形成纯菌落，从而达到分离的目的。涂布法原理和稀释平板法相似，但是涂布法是用三角刮刀将稀释菌液分散在培养基表面的。

微生物接种技术是微生物学相关实验最常规的基本实验操作技术。

微生物接种是指在无菌条件下，将一定量的微生物接种到另一适合该微生物生长发育的培养基上的操作技能。其主要的接种方法有斜面接种法、液体接种法和穿刺接种法。斜面接种法主要用于微生物细胞纯菌落接种、菌种的常规鉴定和菌种的普通保藏。其具体的操作是：先用挑针从无菌固体培养基上挑取单个菌落，或者从斜面、肉汤中的纯培养物挑取微生物菌落并接种到新鲜无菌斜面培养基上。液体接种法主要用于真菌发酵培养，内容包括从斜面培养基接种微生物菌落至新鲜无菌固体培养基和从液体培养基接种到另一液体培养基。穿刺接种法一般适用于厌氧微生物的培养，并且大多只适用于细菌和酵母菌的接种培养。其具体的操作是：用接种针挑取少量菌落，直接刺入半固体培养基中央。