一、共价键
蛋白质分子中的共价键有肽键和二硫键，是生物大分子分子之间最强的作用力。化学物质（药物、毒物等）可以与生物大分子（受体蛋白或核酸）构成共价键，共价键除了被体内的特异性酶催化断裂以外，很难恢复原形，是不可逆过程，对酶来讲就是不可逆抑制作用。
二、非共价键
生物体系中分子识别的过程不仅涉及化学键的形成，而且具有选择性的识别。共价键存在于一个分子或多个分子的原子之间，决定分子的基本结构，是分子识别的一种方式。而非共价键（又称为次级键或分子间力）决定生物大分子和分子复合物的高级结构，在分子识别中起着关键的作用。
（一）静电作用
静电作用是指荷电基团、偶极以及诱导偶极之间的各种静电吸引力。
酶、核酸、生物膜、蛋白质等生物大分子的表面都具有可电离的基团和偶极基团存在，很容易与含有极性基团的底物或抑制剂等生成离子键和其他静电作用。
1.离子键
生物大分子表面的带电基团可以与药物或底物分子的带电基团形成离子键。这种键可以离解。
2.离子-偶极作用
药物分子和受体分子中O、S、N和C原子的电负性均不相等，这些原子形成的键由于电负性差值可以产生偶极现象。这种偶极部分与永久电荷可以形成静电作用。
离子-偶极相互作用一般比离子键小得多，键能与距离的平方差成反比，由于偶极矩是个向量，电荷与偶极的取向会影响药物-受体的作用强度。如普鲁卡因及其衍生物的局部麻醉作用与酯羰基的偶极性质有关。
3.偶极-偶极相互作用
两个原子的电负性不同，产生价键电子的极化作用，成为持久的偶极与偶极间的作用。
偶极-偶极相互作用的大小，取决于偶极的大小、它们之间的距离和相互位置。这种相互作用在水溶液中普遍存在。
它的作用强度比离子-偶极作用小，但比偶极-诱导偶极作用大。这种作用对药物-受体相互作用的特异性和立体选择性非常重要。
（二）氢键
1.氢键的形成
氢键是由两个负电性原子对氢原子的静电引力所形成，是一种特殊形式的偶极-偶极键。它是质子给予体X-H和质子接受体Y之间的一种特殊类型的相互作用。
2.氢键的大小和方向
氢键的键能比共价键弱，比范德华力强，在生物体系中为8.4～33.4J/mol（2～8kcal/mol）。键长为0.25～0.31nm，比共价键短。氢键的方向用键角表示，是指X-H与H-Y之间的夹角，一般为180°～250°。
（三）范德华力
范德华力是一种普遍存在的作用力，是一个原子的原子核吸引另一个原子外围电子所产生的作用力。
它是一种比较弱的、非特异性的作用力。这种作用力非常依赖原子间的距离，当相互靠近到0.4～0.6nm时，这种力就表现出较大的集合性质。
范德华力包括引力和排斥力，其中作用势能与1/R 6 成正比的三种作用力（静电力、诱导力和色散力）通称为范德华引力。
（四）疏水作用
疏水作用是指极性基团间的静电力和氢键使极性基团倾向于聚集在一起，因而排斥疏水基团，使疏水基团相互聚集所产生的能量效应和熵效应。
蛋白质和酶的表面通常具有极性链或区域，这是由构成它们的氨基酸侧链上的烷基链或苯环在空间上相互接近时形成的。
高分子的蛋白质可形成分子内疏水链、疏水腔或疏水缝隙，可以稳定生物大分子的高级结构。