日本航空自1985年9月1日起停用“123”这个航班班号，日航的董事长因为此次事故引咎辞职，而公司的维修部经理更是自杀谢罪，虽然他们与事故原因并无关连。当时日本社会盛传事件内幕是波音为重要客户顶罪，致使日航订票率大幅下降，直到多年后，日航才从这次打击中恢复过来。

而波音公司的命运要比日航好得多，虽然该公司因为不正当维修造成此次空难，声誉受到影响，不过因为调查结果说明波音747本身并无设计瑕疵，故该机型依然销售良好，并帮助波音公司成为航空界霸主。

本次空难令航空界开始研究液压控制失效下的应变措施；1989年的苏城空难的机组人员就是基于该次空难后的教训进行迫降，而挽救了大部分乘员的性命。

坠毁地点所在的群马县多野郡，设立了“升魂之碑”纪念。部分飞机残骸以及文书资料，则移至日航于2006年建立的安全推广中心作永久保存及展示。

1999年，日本著名作家山崎丰子发表新作《不沉的太阳》。内容描述航空公司企业组织与体系问题，分为上、中、下三册，中册即以此一空难为背景，以现实为基础，用小说的形式重新架构，书中并保留部分罹难者家属和相关人员的真实姓名。该书2008年在我国台湾首次出版。

2003年，日本知名推理小说家横山秀夫的作品《登山者》，也是以日航123号空难为蓝本所创作的推理小说。

2005年，事故届满20周年，事故地点举办放水灯仪式追思，罹难者汤川昭九的女儿戴安娜·汤川回到日本，在追思仪式现场演奏小提琴。仪式中也播放了罹难者坂本九所演唱的成名曲“見上げてごらん夜の星を”。

韩国歌手路易的歌曲《泪》，音乐录像带的内容取材于此次空难：一对生活在日本的韩国恋人，在女主角李惠庆从东京飞往大阪之前订婚，并相约着尽早走上红地毯，然而在男主角金泰佑送自己女友登机后的15分钟后，飞机发生故障。李惠庆在巨大的恐惧与绝望中，怀着对金泰佑的深刻怀恋和二人往昔的美好追忆，画下了恋人的笑脸，然后写下：“金泰佑，我爱你。”就这样，李惠庆，日航JAL123上的一名乘客，她的故事经韩国媒体真实诠释至MTV中。

2009年，山崎丰子的《不沉的太阳》改编成同名电影，若松节朗执导，渡边谦、三浦友和、松雪泰子主演。日本航空一直反对影片的拍摄，还曾两度向角川电影公司发出书面警告，指出他们有破坏名誉之嫌。由于没能获得日本航空的支持，片中机场的场面是在泰国的机场拍摄的，制片方坚持影片虽然涉及御巢鹰山空难，但总的来说是虚构的故事，因此对于日航的指控不予理会，并顺利上映。

从日本航空对待这部电影的态度上，很难不令人怀疑他们对123号班机空难是否怀有深切的悔过心理。但是，事故业已发生，逝者无法重生，告慰罹难者在天之灵的最好方式不单是悔过，更重要的是让使他们失去生命的同类事故不再重演。只可惜，下面所记录的一起空难，说明我们的期望也许过于美好。