土壤微生物是土壤生态系统中最活跃的部分，是生态系统中物质循环的主要分解者和还原者。土壤微生物组成的变化不仅会影响土壤的肥力，而且对植物生长和土传病害的发生会产生较大的影响，也是土壤中农药降解的参与者。农药，特别是除草剂等土壤处理剂大量使用后，绝大部分会残留在土壤中慢慢降解。农药在降解过程中会影响土壤微生物的呼吸作用，各类农药对不同的土壤微生物的影响是不同的。

土壤类型不同，其理化性质和微生物种类也存在差异，供试土壤要用两种有代表性的新鲜土壤，并要提供其pH、有机质含量、代换量、土壤质地等数据。供试农药最好用制剂，因其更接近生产实际使用情况，也可用原药或纯品。

用土壤中CO ₂ 释放量的变化为依据，将农药对土壤微生物的毒性划分成3个等级：用1mg/kg处理的土壤，在15d内呼吸作用抑制率>50％的为高毒农药；用1～10mg/kg处理的土壤，在15d内呼吸作用抑制率>50％的为中毒农药；在土壤中农药含量大于10mg/kg时，呼吸作用抑制率大于50％的为低毒农药。为了更好地接近田间实际，还需要考虑农药对土壤微生物呼吸作用抑制时间长短这一因素，用危害系数的概念表示农药对土壤微生物的影响。

危害系数=呼吸作用抑制率（％）×抑制时间（月）/农药含量（mg/kg）

危害系数分为三级：＞200为严重危害，20～200为中等危害，＜20为无实际危害。在危害系数测定中，每隔15d测定一次CO ₂ 释放量，直到测定值低于前一次，或当危害系数小于20时，即可停止实验。