工业发酵生产中常用的微生物主要是细菌、放线菌、酵母菌和霉菌四大类。

1.常见的细菌

（1）大肠埃希氏杆菌（Escherichia coli）

大肠埃希氏杆菌简称大肠杆菌，是最为著名的原核微生物。革兰氏染色阴性，短杆状，大小为（0.5~1.0）μm×3.0μm；运动或者不运动，运动者周生鞭毛。多数大肠杆菌对人体无害，是常见条件致病菌。大肠杆菌生长迅速，营养要求低，是最早用作基因工程的宿主菌。工业上常将大肠杆菌用于生产谷氨酸脱羧酶、天冬酰胺酶和制备天冬氨酸、苏氨酸及缬氨酸等。此外，一些基因工程表达产物，如干扰素、人胰岛素、人生长激素等，已实现大肠杆菌的高密度发酵生产。

（2）枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）

枯草芽孢杆菌属于芽孢杆菌属（Bacillus）。革兰氏染色阳性，大小为（0.3~2.2）μm×（1.2~7.0）μm；周生或侧生鞭毛；无荚膜；芽孢中生或近中生，大小0.5μm×（1.5~1.8）μm。菌落形态不规则；表面粗糙，不透明，污白色或微黄色。枯草芽孢杆菌是工业发酵的重要菌种之一，可用于生产淀粉酶、蛋白酶、核苷酸酶、氨基酸和核苷等。

（3）北京棒状杆菌（Corynebacterium pekinensis）

革兰氏染色阳性，短杆状或小棒状，有时微弯曲，两端钝圆，不分枝，单个或呈“八”字排列，无芽孢，不运动。北京棒状杆菌是我国谷氨酸发酵的主要生产菌种之一。

2.常见的放线菌

（1）链霉菌属（Streptomyces）

菌丝发达无隔膜，直径约0.4~1μm，长短不一，多核。菌丝体有营养菌丝、气生菌丝和孢子丝之分。链霉菌属是抗生素的主要生产菌。常用的抗生素，如链霉素、土霉素、博莱霉素、丝裂霉素、制霉菌素、卡那霉素、井冈霉素等，都是链霉菌属产生的次级代谢产物。

（2）诺卡菌属（Nocardia）

诺卡菌属又称原放线菌属（proactinomyces）。菌丝体能产生横膈膜，多数种只有营养菌丝，没有气生菌丝。菌落一般比链霉菌属小，表面崎岖多皱，致密干燥。诺卡菌主要分布在土壤中，能产生30多种抗生素，如利福霉素、间型霉素等。此外，有些诺卡菌还用于石油脱蜡、烃类发酵及腈类化合物的转化。

3.常见的酵母菌

（1）酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）

细胞多为圆形或卵圆形，长宽比约1~2。它是发酵工业上最常用的菌种之一。它除了用于传统的酒类(如啤酒、葡萄酒、果酒和蒸馏酒）的生产之外，工业上还用于酒精的发酵。

（2）产朊假丝酵母（Candida utilis）

细胞呈圆形、椭圆形或圆柱形，大小为（3.5~4.5）μm×（7~13）μm。它是人们研究最多的生产单细胞蛋白的微生物之一。以无机氮为氮源，以五碳糖或六碳糖为碳源，在培养基中不需添加生长因子，它即可生长。它既能利用造纸工业的亚硫酸废液，也能利用糖蜜、土豆淀粉废料、木材水解液等生产出人畜可食用的单细胞蛋白。

4.常见的霉菌

（1）毛霉属（Mucor）

属接合菌亚门，毛霉目。菌丝无色透明，无横隔，菌落初期为白色，后为灰白色、淡黄色或淡褐色，气生，不产生匍匐菌丝，有孢子囊，能产生孢囊孢子。有性生殖时可形成球形的接合孢子。毛霉中的许多种分解蛋白质能力很强，因此，豆腐乳、豆豉的制作均用毛霉。

（2）根霉属（Rhizopus）

属接合菌亚门，毛霉目。菌丝无色透明，无隔膜，不长气生菌丝，只产生弧形的匍匐菌丝，有假根，有子囊，能产生孢囊孢子。根霉可分泌多种酶，如淀粉酶、蛋白酶等。它常用于酿酒业中淀粉的糖化。

（3）红曲霉属（Monascus）

红曲霉菌落开始为白色，成熟后变为红紫色，能向培养基中分泌红色色素。红曲霉能产生淀粉酶、麦芽糖酶、蛋白酶、柠檬酸、琥珀酸、乙醇，以及天然食用色素，从而用于黄酒、醋、红腐乳等的制作。

（4）青霉属（penicillium）

青霉在自然界中分布很广，是造成水果腐烂、粮食等工农业产品霉变的主要菌。不同菌种可形成不同的代谢产物，如有产青霉素的菌种，产灰黄霉素的菌种，产柠檬酸、延胡索酸、草酸等有机酸的菌种，产纤维素酶、糖苷酶的菌种。个别青霉菌还能产生致癌的霉菌毒素。

（5）曲霉属（Aspergillus）

曲霉为多细胞菌。菌丝有分隔，营养菌丝大多匍匐生长，无假根，能产生分生孢子。此属在自然界分布极广，是引起多种物质霉腐（如面包腐败，煤生物分解及皮革变质等）的主要微生物之一。其中，黄曲霉具有很强毒性。绿色和黑色的具有很强的酶活性，在食品发酵中广泛用于制酱、酿酒。曲霉在现代发酵工业中用于生产葡萄糖氧化酶、糖化酶和蛋白酶等酶制剂。