菌种保藏主要是根据菌种的生理生化特点，人工创造条件，使孢子或菌体的生长代谢活动尽量降低，以减少其变异。一般可通过保持培养基营养成分在最低水平、缺氧状态、干燥和低温，使菌种处于“休眠”状态，抑制其繁殖能力。人们在长期的实践中，对微生物种子的保藏建立了许多方法，一般有下面几种：

1.定期移植保藏法

将菌种接种于适宜的斜面或液体培养基，待其生长成健壮的菌体后，将菌种放置4℃冰箱保藏，每间隔一定时间需重新移植。定期移植保藏法是最早使用而且至今仍然普遍采用的方法。该法简单易行，但是保藏的时间较短，菌种容易衰退。斜面保藏是一种短期的、过渡的保藏方法，一般保存期为3~6个月。

2.液体石蜡保藏法

在生长良好的斜面表面覆盖一层无菌液体石蜡，液面高出培养基1cm左右，然后保存在冰箱中。液体石蜡可以防止水分蒸发，隔绝氧气，所以能延长保藏的时间。此法适用于不能利用石蜡油作碳源的细菌、霉菌、酵母等微生物的保存，保存期约一年左右。

3. 沙土管保藏法

这是国内常采用的一种方法。它的制备方法是，取河沙过24目筛，用10％~20％的盐酸浸泡除去有机质，洗涤，烘干，分装入安瓿管，加塞灭菌。需要保藏的菌株先斜面培养，再用无菌水制成细胞或孢子悬液，将10滴悬液注入装有洗净、灭菌河沙的沙管内，使细胞或孢子吸附在沙上，放到干燥器中吸干沙中的水分，将干燥后的沙管用火焰熔封管口，可以室温或低温保藏。其特点是干燥，低温，隔氧，无营养物。此法保藏的效果较好，制作也简单，比液体石蜡法保藏时间长，适合于产孢子或芽孢的微生物，保藏时间可达数年，甚至数十年。

4.冷冻干燥保藏法

真空冷冻干燥保藏法是目前常用的较理想的一种方法。该方法保藏效果好，对各种微生物都适用，国内外都已较普遍地应用。该法是将菌液在冻结状态下升华其中水分，最后获得干燥的菌体样品。这种方法的基本操作过程是先将微生物制成悬浮液，再与保护剂混合，然后放在特制的安瓿管内，用低温酒精或干冰使其迅速冻结，在低温下用真空泵抽干，最后将安瓿管真空熔封，并低温保藏。保护剂一般采用脱脂牛奶或血清等。该法同时具备干燥、低温和缺氧的菌种保藏条件，使微生物的生长和代谢都暂时停止，不易发生变异，所以，可使微生物菌种得到较长时间的保存，一般可以保存5年左右。这种保藏方法需要一定的设备，技术要求比较严格。

5.液氮超低温保藏法

液氮超低温保藏技术已被公认为当前最有效的菌种长期保藏技术之一，在国外已普遍采用。它也是适用范围最广的微生物保藏法，尤其是一些不产孢子的菌丝体，用其他保藏方法不理想，可用此法保藏。液氮保藏的另一大优点是可利用各种培养形式的微生物进行保藏，不论孢子或菌体、液体培养物或固体培养物均可使用该法。液氮的温度可达-196℃，远远低于菌种新陈代谢作用停止的温度（-130℃），所以用液氮能长期保存菌种。

由于液氮保存于超低温状态，所使用的安瓿管需能承受大的温差而不至于破裂，一般用95料或GC17的玻璃管。因为菌种要经受超低温的冷冻过程，常用10%（体积分数）甘油为保护剂。液氮法的关键是先把微生物从常温过渡到低温。因此，在细胞接触低温前，应使细胞内自由水通过膜渗出而不使其遇冷形成冰晶而伤害细胞。当要使用或检查所保存的菌种时，可将安瓿管从冰箱中取出，室温或35~40℃水浴中迅速解冻，当升温至0℃时即可打开安瓿管，将菌种移到适宜的培养基斜面上培养。

6. 甘油保藏法

甘油保藏法与液氮超低温保藏法类似。菌种悬浮在10％甘油蒸馏水，置低温（-80~-70℃）保藏。该法较简便，保藏期较长，但需要有超低温冰箱。实际工作中，常将待保藏微生物菌培养至对数期的培养液直接加到已灭过菌的甘油中，并使甘油的终浓度在10％~30％左右，再分装于小离心管中，置低温保藏。基因工程菌常采用该法保藏。