发酵过程杂菌污染，会严重影响生产，是发酵工业的致命伤。生产不同的产品，可污染不同种类和性质的微生物；不同污染时间，不同污染途径，污染不同菌量，不同培养基和培养条件又可产生不同后果。

1.发酵染菌对不同产品的影响

不同品种的发酵制品，需采用不同种类的微生物菌种生产。不同菌种使用的培养基、发酵工艺条件、代谢途径也各不相同，受杂菌污染的微生物种类及危害也不相同。

在青霉素生产过程中，青霉素发酵染菌，绝大多数杂菌都能直接产生青霉素酶，而另一些杂菌则可被青霉素诱导而产生青霉素酶。不论在发酵前期、中期或后期，染有能产生青霉素酶的杂菌，都能使青霉素迅速被破坏，目的产物得率降低，危害十分严重。链霉素、四环素、红霉素、卡那霉素等发酵染菌虽不像青霉素发酵染菌那样一无所得，但也会造成不同程度的危害。如杂菌大量消耗营养，干扰生产菌的正常代谢，改变ph，降低产量。灰黄霉素、制霉菌素、克念菌素等抗生素能有效抑制霉菌，但对细菌几乎没有抑制和杀灭作用，因此，发酵染菌主要为细菌类微生物。

在发酵酒生产过程中，染菌带来的影响则主要是使发酵液酸度增加，发酵度下降，影响产品风味等。

在疫苗生产过程中，发酵染菌危害更大。目前疫苗多采用深层发酵，产物不加提纯而直接使用，在其深层发酵过程中，一旦污染杂菌，不论死菌、活菌或内外毒素，都应全部废弃。因此，发酵罐容积越大，污染杂菌后的损失也越大。

2.污染不同种类和性质的微生物的影响

（1）污染噬菌体

噬菌体的感染力很强，传播蔓延迅速，也较难防治，故危害极大。污染噬菌体后，可使发酵产量大幅度下降，严重的造成倒罐，断种，被迫停产。如谷氨酸发酵最怕噬菌体的污染，因为噬菌体蔓延速度快，难以防治且容易造成连续污染。

（2）污染其他杂菌

有些杂菌会使生产菌自溶产生大量泡沫，即使添加消泡剂也无法控制逃液，影响发酵过程的通气搅拌。

有的杂菌会使发酵液发臭、发酸，致使ph下降，使不耐酸的产品破坏。特别是污染芽孢杆菌，由于芽孢耐热，不易杀死，往往一次染菌后会反复染菌。如肌苷、肌苷酸发酵污染芽孢杆菌的危害最大；高温淀粉酶发酵污染芽孢杆菌和噬菌体的危害较大。

3.染菌时间对发酵的影响

污染时间是指用无菌检测方法确定的污染时间，而不是杂菌进入培养液的时间。杂菌进入培养液后，需经一定时间的生长、繁殖才能显现出来，显现时间取决于染菌量的多少。染菌量多，显现所需的时间就短；染菌量少，显现染菌的时间就长。

（1）种子培养期染菌

在这一阶段，种子培养主要是生长繁殖菌体，生产菌体浓度低，培养基营养丰富很容易染菌，一旦染菌，就会造成种子质量严重下降，危害极大。因此，应该严格控制种子染菌的发生，一旦发现种子染菌，就应灭菌后弃去，并对种子罐、管道进行检查和彻底灭菌。

（2）发酵前期染菌

在这一阶段，生产菌处于生长繁殖阶段，代谢产物很少，容易染菌，染菌后的杂菌迅速繁殖，与生产菌争夺营养成分，严重干扰生产菌的繁殖和产物的形成。一旦发现染菌，可重新灭菌，补加一些营养后重新接种。

（3）发酵中期染菌

在中期染菌，将严重干扰生产菌的繁殖和产物的生成。发酵中期染菌较难处理，危害性较大，在生产过程中应做到早预防、早发现、早处理。处理方法应根据各种发酵的特点和具体情况来决定。

（4）发酵后期染菌

发酵后期发酵液内已积累大量的产物，特别是抗生素，对杂菌有一定的抑制或杀灭能力。因此，如果染菌不多，对生产影响不大，可继续发酵。如果染菌严重，又破坏性较大，可以提前放罐提取产物。

4.不同染菌途径对发酵的影响

（1）种子带菌

种子带菌可使发酵染菌具有延续性，将会使后继发酵中出现杂菌，需要严格控制。

（2）空气带菌

空气带菌也使发酵染菌具有延续性，导致染菌范围扩大至所有发酵罐，可通过加强空气无菌检测进行控制。

（3）培养基或设备灭菌不彻底

一般为孤立事件，不具有延续性。

（4）设备渗漏

这种途径造成染菌的危害性较大，常造成严重染菌和发酵失败。