生物技术是当前迅速发展的学科产业，世界各国都把它列为发展的重要内容。生物工程包括基因工程、细胞工程、酶工程、蛋白质工程和发酵工程。发酵工程是生物工程的重要内容之一，是生物细胞产物通向工业化生产的必经之路。发酵工程发展至今，经历了半个多世纪，已形成一个产业，即发酵工程产业。当前发酵工程的应用已深入国计民生的方方面面，包括农业生产、轻化业、医药卫生、食品、环境保护、资源和能源开发等领域。随着生物工程技术的发展，发酵工程技术也在不断改进和提高，其应用领域也在不断拓宽，显示出了强大潜力。

我国发酵工程产业的发展除了要引进和消化吸收国外先进技术之外，更需要具有国际竞争力的专业人才及具有自主知识产权的高水平的生产菌种和发酵工艺、产品后处理工艺。具体发展目标和方向有以下几个方面：

①开发和利用微生物资源。首先是设计和开发更多的自动化、定向化、快速化的菌种筛选技术和模型，筛选更多的新型菌种和代谢产物；其次是利用基因工程等先进技术，进行菌种改良。

②改进和完善发酵工程技术。例如，为了提高生产能力，将发酵工程与固定化技术相结合是发酵生产的一个趋势。将发酵工程与酶工程相结合，会起到更加有效的催化作用。将发酵与提取相偶合是当今的一个热门课题，例如将萃取与发酵相偶合的萃取发酵。超临界CO2萃取发酵以及将膜过滤与发酵相偶合的膜过滤发酵等都会在发酵过程中把产物提取出来，避免反馈抑制作用，以提高产物的产量。生态发酵技术（混合培养工艺）不但可以提高发酵效率和产品数量、质量，甚至还可以获得新的发酵产品，它是一种不需要进行体外DNA重组也能获得类似效果的新型培养技术，它的意义并不逊色于基因工程，其前景也是十分广阔和诱人的。生态发酵技术的类型很多，主要有联合发酵、顺序发酵、共固定化细胞混合发酵、混合固定化细胞发酵等。

③研制和开发新型发酵设备。发酵设备正逐步向容积大型化、结构多样化、操作控制自动化的高效生物反应器方向发展。其目的在于节省能源、原材料和劳动力，降低发酵产品的生产成本。

④重视中、下游工程的研究。发酵工程的中、下游加工由多种化工单元操作组成。由于生物产品品种多，性质各异，故用到的单元操作很多，如沉淀、萃取、吸附、干燥、蒸馏、蒸发和结晶等传统的单元操作，以及细胞破碎、膜过滤和色谱分离等新近发展起来的单元操作。一些新技术、新工艺、新材料、新设备的使用，大大提高了生物技术产品的产量和质量。但对于高水平的后处理技术和设备的研究还有待加强，尤其是对有关基础理论和应用理论的研究。例如，絮凝机理、离子交换的动力学和静力学理论、双水相萃取机理、超临界流体萃取原理等，都需要大批生物学家和化学家联合研究，协同作战。此外，对于新型分离介质，如超滤膜、均孔离子交换树脂、大网格吸附剂、无毒絮凝剂、亲和层析中的新型分离母体和配位体等，也应进一步深入研究。

生物工程的迅速发展提供了多种生物细胞，而这些生物细胞必须通过发酵才能转化为商业化的产品。因此，发酵工程是生物技术实现产业化及加快研究成果转化为现实生产力、获得经济效益的必不可少的手段。随着生物技术的快速发展，发酵工程必将发生新的变化，为人类创造出更大的经济效益。