系统思想即在实践过程中，人们从系统性的角度去分析和处理问题的一种思想方法。朴素的系统思想是自人类社会以来，在人们认识世界和改造世界的过程中逐渐产生并且发展的。古代朴素主义思想是系统思想的萌芽，强调对自然界整体性和统一性的认识，但也存在一些不足，其对事物的认识还停留在表面，对整体性和统一性的认识是不完全的。

我国历史源远流长，早在公元前便早已有了系统的思维，如《孙子兵法》是我国同时也是世界军事理论史上最早的具有战略体系的兵学专著，涉及政治、经济、天文、地理等各方面的内容。

古代天文学家还将天象的变化与大自然季节变化相联系，将宇宙视为一个整体，编制出了二十四节气指导农业活动：

①春季：立春、雨水、惊蛰、春分、清明、谷雨。

②夏季：立夏、小满、芒种、夏至、小暑、大暑。

③秋季：立秋、处暑、白露、秋分、寒露、霜降。

④冬季：立冬、小雪、大雪、冬至、小寒、大寒。

古希腊唯物主义者德谟克利特在其所著的《世界大系统》一书中最早采用了“系统”一词，他对宇宙的构成要素进行了猜测，肯定了要素构成系统。哲学家赫拉克利特认为“世界是包括一切的整体”。亚里士多德曾提出“一般说来，所有的方式显示的整体并不是其部分的总和”，即“整体大于部分之和”的思想，该思想也是一般系统论的主要观点之一。

到了15世纪下半叶，随着各学科如物理学、力学、天文学、化学和生物学的兴起，人们开始使用科学的方法如实验、解剖和观察来进行研究，自然科学技术得到了迅速的发展。

到了19世纪上半叶，能量守恒定律、细胞学说以及进化论的发现，使我们对自然界中的联系有了更清晰的认识。恩格斯提出：“由于这三大发现和自然科学的其他巨大进步，我们现在不仅能够指出自然界中各个领域内的过程之间的联系，而且总的来说也指出了各个领域之间的关系了。这样，我们就能够依靠自然科学本身所提供的事实，以近乎系统的形式描绘出一幅自然界联系的清晰画面。”辩证唯物主义者也认为物质世界是相互联系、相互依赖、相互制约和相互作用的事物与过程所形成的统一整体。