影响细菌浸矿的生物因素主要有：细菌种类、细菌营养物质、细菌适应性及有害组分。

（1） 菌种 

不同类别细菌的浸矿速度不同，因此，选择、分离、驯化、培养出高效浸矿细菌是关键因素。普通的细菌堆浸主要是氧化铁硫杆菌（T.F.）为主，其次是氧化硫硫杆菌、氧化铁铁杆菌、氧化亚铁微螺菌等菌种。

（2） 细菌的适应性 

由于矿石中不同元素对细菌产生不同的影响，即有些元素对细菌繁殖有利，有些元素不利于细菌繁殖。随时间的延长，浸矿细菌适应性会不断增强，繁殖速度会不断加快，硫化矿浸出率逐渐得到提高。

（3） 培养基 

浸出液中要有足够数量的细菌所需细胞生长养料，如：铵离子、硫酸盐（钾等）、磷酸盐、钙、镁、氧气、二氧化碳等。

①氮　氮由铵离子（  ）供给，是浸矿细菌的重要养料之一，用于蛋白质及铁酸的合成。在足够空气供给条件下，氮对细菌浸矿影响最明显。铵离子浓度最佳为0.08g/L，多数浸出液中缺少铵离子，一般以硫酸铵的形式添加到萃余液中。生产实践添加硫酸铵浓度，可以通过小型细菌浸出试验研究及工业化生产经验数据作参考。

②磷　磷以磷酸盐的形式存在，是二价铁在细胞外壁氧化、细菌能量转移的重要营养物质。磷酸盐浓度0.06g/L时，为细菌生长最佳条件。多数原矿中都含有磷元素，会生成磷酸盐，细菌浸出过程一般不需要添加磷酸盐，因此，细菌浸出过程是否添加磷酸盐，需要化验浸出液中磷的浓度，参考小型细菌浸出试验研究结论及工业生产经验。

③铁、硫　二价铁、单质硫是细菌进行新陈代谢所需要的能源及营养物质，浸矿细菌的能源主要是硫化矿，如黄铁矿、辉铜矿、黄铜矿、铜蓝等矿物。矿石中没有硫化物，酸性浸矿细菌也就难以生长繁殖。

④氧、二氧化碳　浸矿细菌发生的化学反应，主要是氧化-还原反应。硫化矿具有还原性，细菌等浸出剂具有氧化性，化学反应才能发生。氧气的供给不能缺少，浸出剂中氧气的最佳氧浓度为0.30g/L。为了降低生产成本，一般不鼓入纯氧气或空气，而是采用增大浸出物料与空气的接触面积，增加氧气的传递速度，浸出液中保持较高的氧溶解浓度。二氧化碳是细菌生长的一种主要营养物质，空气中的二氧化碳可以满足细菌生长需要，一般不另外补充二氧化碳。

⑤三价铁离子　Fe ²⁺ 是氧化铁硫杆菌的能源，细菌把Fe ²⁺ 氧化为Fe ³⁺ 的过程获得能量，Fe ³⁺ 又是硫化矿物浸出的氧化剂。Fe ³⁺ 氧化硫化物后还原为Fe ²⁺ ，细菌又将Fe ²⁺ 氧化为Fe ³⁺ ，氧化-还原过程不断循环往复进行，浸出过程就能够持续发生。Fe ³⁺ 浓度影响浸出剂电位。有关化学反应方程式如下：

4Fe ²⁺ +O ₂ +4H ⁺ ＝4Fe ³⁺ +2H ₂ O

4FeSO ₄ +O ₂ +2H ₂ SO ₄ ＝2Fe ₂ （SO ₄ ） ₃ +2H ₂ O

以上化学反应，只有在细菌作用下，反应速度才会加快，能够放出热量。

浸出剂中Fe ³⁺ 的浓度主要受细菌氧化速率、浸出硫化物速率、浸出溶液pH、其它离子浓度、温度等控制。Fe ₂ （SO ₄ ） ₃ 随浸出溶液pH值不同生成不同沉淀物，当pH≥2时，Fe ³⁺ 发生水解沉淀，铁沉淀物主要以Fe（OH） ₃ 为主，其次生成Fe ₂ O ₃ · n H ₂ O沉淀；Fe ³⁺ 过高时，较低pH值也会生成生氢氧化铁沉淀；当pH 1.0～2.0时，Fe ³⁺ 主要以铁矾沉淀物为主，根据溶液中一价阳离子浓度（K ⁺ 、Na ⁺ 、NH ⁺ ₄ ），分别生成黄钾铁矾、黄钠铁矾、黄铵铁矾沉淀物等。反应方程式如下：

Fe ₂ （SO ₄ ） ₃ +6H ₂ O＝2Fe（OH） ₃ +3H ₂ SO ₄

Fe ₂ （SO ₄ ） ₃ +3 n H ₂ O＝Fe ₂ O ₃ · n H ₂ O+3H ₂ SO ₄

3Fe ₂ （SO ₄ ） ₃ +12KOH＝K ₂ Fe ₆ （SO ₄ ） ₄ （OH） ₁₂ +5K ₂ SO ₄

3Fe ₂ （SO ₄ ） ₃ +12H ₂ O+K ₂ SO ₄ ＝K ₂ Fe ₆ （SO ₄ ） ₄ （OH） ₁₂ +6H ₂ SO ₄

（KOH可以为NaOH、NH ₄ OH，黄铁矾形成有硫酸产生，必须有碱性物质中和硫酸）

矿石浸出过程，黄铁矿受到细菌氧化生成Fe ³⁺ ，当pH≥2时，容易生成沉淀物，如果以Fe ₂ O ₃ · n H ₂ O沉淀、铁矾沉淀为主，对细菌与矿物接触影响较小，对铜金属的浸出率影响程度小。以Fe（OH） ₃ 形式沉淀的物质，特别是陈化后的Fe（OH） ₃ 沉淀，很难重新溶解于稀硫酸，会堵塞矿堆、矿块孔隙，降低堆浸渗透性。针对此问题，细菌浸出时，一般控制pH值1.5～1.7，过高铁离子以生成KFe ₂ （SO ₄ ） ₃ （OH） ₆ 为主，基本不影响细菌与矿物接触。

控制pH值1.5～1.7的目的：

①能够提高浸出剂中Fe ³⁺ 浓度，提高硫化矿浸出速度；

②使浸出剂中产生  络离子，提高氧化能力，促进硫化矿浸出；

③防止铁离子以Fe（OH） ₃ 形式沉淀，影响浸出率指标。

pH值1.5时，Fe（OH） ²⁺ 及  络离子各占50％，络合后的Fe ³⁺ 比未络合的Fe ³⁺ 氧化能力强，对提高硫化矿浸出率指标十分有利。

（4） 有害组分影响 

溶液中大多数离子，当浓度超过一定极限时，特别是超过细菌所能够忍受的浓度时，杂质离子会对细菌的生长繁殖产生抑制或毒害作用，细菌可能会中毒。有关资料报道，经过驯化后的细菌能忍耐浓度As ³⁺ 、As ⁵⁺ 为15g/L，Zn ²⁺ 为119g/L，Ni ²⁺ 为72g/L，Co ²⁺ 为30g/L，Mn ⁺ 为40g/L，VO ₈ 为12g/L，Cu ²⁺ 为56g/L，Fe ²⁺ 为160g/L，Ca ²⁺ 为4.9g/L，Mg ²⁺ 为2.4g/L。有些细菌经过变异后，也能够忍受更复杂、更高离子浓度的环境条件。