质粒DNA或者连接产物DNA转化大肠杆菌时效率较低，因此转化得到的细胞群体中有很大一部分并没有导入DNA。如果外源DNA上携带了抗生素抗性基因，就很容易使用相应的抗生素筛选掉没有外源DNA进入的细胞。如果转化时所用质粒DNA是体外重组得到的连接产物DNA，那么由于连接产物中可能含有未参与连接反应的空载体，则有必要采用其他方法筛选出真正含有所需重组质粒DNA的转化细胞。

蓝白斑筛选方法可以通过转化菌斑的颜色来区分空载体和重组质粒DNA转化的细胞。原理是培养基中加入的IPTG诱导空载体上的 lacZ ′表达，并通过α互补在细胞内产生有活性的β-半乳糖苷酶，催化培养基中的X-gal底物水解形成蓝色产物，因此空载体转化的细胞会形成蓝色菌斑。在重组质粒DNA中， lacZ ′由于目的DNA的插入而失活，因此重组质粒DNA转化得到的细胞不会产生有活性的β-半乳糖苷酶，只能形成白色菌斑。

蓝白斑筛选方法的前提是空载体上携带有完整的 lacZ ′筛选标记，此外也可以采用PCR的方法来鉴定重组克隆。菌落PCR方法操作简便，结果也比较可靠，适用于对大量克隆进行筛选。其原理是根据目的DNA序列设计一对检测引物，然后以少量的菌斑作为模板进行PCR扩增，只有包含目的DNA的克隆才能扩增出正确大小的条带。