埃及航空990号班机是埃及航空的定期航班，来往开罗和洛杉矶，中途停纽约。1999年10月31日深夜，埃航990航班将从纽约肯尼迪国际机场飞往开罗。

肯尼迪国际机场于1942年始建，1948年7月1日首次有商业航班，并于7月31日正式命名为“纽约国际机场”。1963年11月22日美国总统约翰·肯尼迪遇刺身亡，12月24日机场改名为“约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪国际机场”以纪念这位总统。

执行此次航班的客机是波音767-366ER客机，飞机载有14名机组人员——4名飞行员，其中2名是后备机长和机师，加上10名服务员，还有来自美国、加拿大、埃及、德国、苏丹、叙利亚和津巴布韦7个国家的203名乘客，其中1名是埃及军方的高层人士。

990号航班从纽约到开罗，飞行时间长达11个小时。班机起飞半小时后，副机长巴图迪要求驾驶飞机，机长阿迈德·阿·哈巴什同意了，把班机交给巴图迪后，起身离开驾驶舱，也许是去卫生间了。一场灾难便从此刻开始……

凌晨1点49分46秒，巴图迪中断自动驾驶仪，8秒钟后，据飞行数据记录器显示，巴图迪推动操纵杆，驾驶飞机以40度倾角一头扎向海面，随后关闭发动机。由于下降速度很快，角度陡峭，机舱内的乘客有明显的失重感，好像是在太空飞行。

飞机下降的速度越来越快，几乎接近音速，达到0.86马赫，驾驶室内警报声声，警灯闪烁。几秒钟后，飞机遇到一股上升气流，飞机又突然上升，机舱内的乘客又被重重地摔在座椅上。此刻给人的感觉，好像飞行员正在驾驶飞机进行空中格斗，就连手推车上的水果和饮料，一瞬间也变成了射出枪膛的子弹。

在这场混乱中， 机长哈巴什匆忙奔向驾驶舱，只听见哈巴什大声询问巴图迪： “发生了什么事？飞机怎么了？”哈巴什机长急忙跨进正驾驶的座椅，双手握住驾驶杆，迅速往怀里拉，试图拉起机头，制止飞机的下降。

“和我一起干！帮我拉起来！”哈巴什呼唤巴图迪。但是巴图迪显然是在和机长对着干，飞行数据记录器显示，飞机仅仅上升了1秒钟，发动机被人突然关闭了， 美国调查人员事后推断，这个人必是巴图迪无疑。与此同时， 巴图迪继续向外推驾驶杆，把机头拼命向下压。

两名飞行员一个向怀里拉驾驶杆，另一个向外推驾驶杆，这就造成一种十分奇特的现象：飞机尾翼上的升降舵有左右两块面板， 机长一侧的面板使劲拉升飞机，而副驾驶一侧的面板却力图往下压飞机，最后造成升降舵面板破裂。根据飞行记录器的数据分析，这是唯一合乎逻辑的解释，只有两名飞行员互相矛盾地推拉驾驶杆，才能造成这种结局。

又过了几秒钟，有人拉动飞机上的紧急制动手柄，以减缓班机的下降速度，试图稳定飞机，但到了这个时候，一切都晚了。埃航990航班在继续下降，大约于凌晨1点50分37秒，或者51秒，班机供电系统发生故障，飞机突然断电， “黑匣子”也被迫停止录音。主机舱内，只有紧急出口处亮着几盏应急灯，几秒钟后，应急灯也灭了，全机一片漆黑。

几秒钟后，飞机遇到一股强大的上升气流，促使机头上翘，班机从16000英尺上升到24000英尺，也就是持续上升了半分钟，飞机开始再次下降，雷达显示，当时飞机的高度在10000英尺。

根据录音记录，巴图迪一再说“我只信奉真主”，他的讲话语气和频率都不同于往常，而且多达14次。就在他的祈祷声中，飞机开始一头向下栽去，最后坠入冰冷的大西洋，飞机爆炸解体，分解成无数块碎片。

事故发生后，美国海军打捞舰用两台大型机器人，从水深七八十米的海底飞机残骸中发现并打捞出了失事飞机的两个黑匣子。数据显示，990航班在坠毁前曾突然骤降并使乘客一度失重，它在坠海之前曾一度爬高，后来两个发动机突然停止运转，飞机便一头栽入大西洋中。

据美国国家交通安全委员会公布，飞机最后3分钟的情况如下：1.正常飞行高度；2.自动驾驶系统关闭；3.飞机冲力减低，开始下降；4.飞机急速下降；5.降速超过0.86马赫；6.左右引擎相向运动；7.机械系统被关闭；8.飞机暂时找到平衡；9.飞机由上升改为下坠；10.飞机沉入大海，全程历时2分40秒。

埃及民航董事长穆罕默德·法希姆·拉杨在事故发生当日下午举行的记者招待会上介绍说，这架波音767飞机是1989年9月25日购买的，至今服役仅10年，飞行了33654小时，起落7556次，称得上是一架新飞机。