难道是他对现有职位不满？可巴图迪并不打算在埃航谋求一个机长的职位，因此也说不上对埃航有什么怨恨情绪。据调查，没有证据表明巴图迪想从一名副驾驶提升为机长，他甚至没有参加过成为一名机长所必备的资格考试及其业务进修。
据埃航的其他飞行员分析，如果说巴图迪想当机长的话，他至少没有金钱方面的动机。巴图迪所飞的990航班，是埃航最长的一条商业航线，横跨大西洋直飞美国， 他虽然是波音767的一名副驾驶，但是他的工薪收入已经超过了埃航大多数机长。
坦率地说，巴图迪并不是一个安分守己的公司雇员，而是埃航飞行员工会的一名积极活动分子，该组织经常批评埃航高层管理者的腐败行为。与其他飞行员一道，巴图迪抗议埃航的生命保险政策，指责公司对飞行员过于吝啬，一旦发生死亡事故，飞行员家属仅能得到15000美元的赔偿。在巴图迪等人的抗议下，今年7月，埃航已将这一赔偿标准提高到75000美元，但是巴图迪并不满意，因为公司没有满足他们要求提高养老金待遇的要求，飞行员的退休金只有200美元。
也有人怀疑巴图迪是恐怖分子，但是从他的人生经历来看，并没有这样的生活疑点，也不是恐怖组织寻找的理想人选。巴图迪并不是一个狂热的宗教信徒，他热爱生活，家庭观念很重。从家庭录像带来看，巴图迪的亲朋好友举行家庭式聚会，一大帮男男女女聚在一起，唱歌跳舞，举杯痛饮，充满了亲情和友谊。作为一名穆斯林， 巴图迪六次前往麦加朝圣，最近的一次，是半年前随埃航飞行员一同前往麦加。
有人猜测巴图迪也许秘密加入了恐怖组织， 华莱德认为这种想法非常可笑： “巴图迪叔叔憎恨恐怖分子，它不仅损害国家利益，还影响到我们个人利益。” 1997年发生的58名外国游客被杀事件，就严重打击了埃及旅游业和航空业。
考虑到这种事情不仅有损国家荣誉，对埃及旅游业也是一个无情的打击，因此，许多埃及人难于接受飞行员自杀的结论，转而指责美国交通安全委员会与波音公司联手掩盖空难的真相，其背后一定有什么阴谋，或者是机械故障。因为这次事件，机长是正常地离开驾驶舱，也没有对乘客有额外的警惕，同时也没有证据证明有非驾驶员走入驾驶室来令飞机失事。
巴图迪的妻子尤米玛气愤地说：“美国人散布谣言，说我丈夫故意破坏飞机，导致空难，纯粹是胡说八道。”
有些埃及人还猜测以色列情报机关也涉嫌其中，作为“证据”之一，他们说：在肯尼迪机场，埃航和以色列航空公司使用同一条飞行跑道，有着类似的飞行时刻表，两国飞行员还下榻在同一家饭店，“摩萨德”完全有机会下手。
摩萨德（Mossad），全称为以色列情报和特殊使命局，由以色列军方于1948年建立，与美国中央情报局、苏联内务委员会（克格勃）一起，并称为“世界三大情报组织”。自从成立以来，摩萨德进行了多次让世界震动的成功行动。它的成功，成为世界情报史上的传奇。
无论是恐怖主义还是特工作祟，各种传言始终没有确凿的证据予以证明。于是，又有人试图在出事地点寻找答案。埃及信息部官员纳比尔·奥斯曼甚至提出“新百慕大三角”论：近年来发生的TWA800航班、瑞士111航班和小肯尼迪专机失事，这三起飞行事故都发生在美国长岛至新英格兰海岸一带。
“这条航线的安全性必须认真研究。”奥斯曼说。
美国各家航空公司每年都要对飞行员进行1-2次体检及飞行技术考核，但是并没有要求必须进行心理测试，医生只是顺便问几句飞行员的工作压力或家庭烦恼方面的问题。事实上，也很少发生因飞行员心理障碍而发生空难的事例，近20年来，只发生过三起因飞行员自杀而引发的空难，而且都出现在外国航空公司。
其实，更让人感到迷惑不解的还是美国政府与飞机制造公司之间的关系，空难发生后，负责事故调查的美国交通安全委员会与波音公司往往是各执一词，各说各的理，谁也说不服谁，舆论界更是不知所措。1996年7月TWA800航班发生空难后，美国交通安全委员会断定是飞机油箱有问题，而波音公司却一再声称空难的原因是美军导弹误击或恐怖组织的炸弹爆炸。直到今年11月初，波音公司还要求检查飞机残骸，以便找出导弹爆炸的痕迹，检验报告出来了，并没有找到导弹或炸弹爆炸的痕迹，波音公司发言人甘特却指责这次调查不公正，暗示其中有猫腻，甚至扬言要起诉美国交通安全委员。
时至今日，谁都没有确切的证据证明事故的具体原因，但这一教训却是惨痛的，不论是由于飞机的机械故障还是由于人为的原因，都值得世人加以反省深思。埃及航空已取消洛杉矶至纽约的航段，只保持纽约到开罗的航段，航班改为MS986，并改用波音777执行此航段。
记得曾有人归纳了空难的逃生经验。据说飞机失事后的90秒是逃生黄金时间。也就是说，许多乘客经受住了飞机坠毁时的强大冲击力，却没有尽快离开飞机，这才是导致他们遇难的原因。航空界有一句话：“每条教训都是用血换来的。”故此，以下逃生经验绝对值得认真阅读并且牢记：
1.登机时了解自己的座位与紧急出口的距离。美国的一份调查报告显示：在起火燃烧的飞机上，生存机会最大的乘客是坐在靠近过道、距离紧急出口5排以内座位上的。其余乘客则应该这么做：落座前就数好自己的座位与出口之间隔着几排。这样，即便在时机不占先、机舱内又充满烟雾的情况下，仍有望摸着椅背找到出口。
2.落座后认真阅读前排椅背上的安全须知。即使已对这些程序了如指掌，再看一遍也没有坏处。
3.遭遇空难一旦打开了紧急门，便应当把门扔出机外，而不是留在机内，防止其挡住出路。
事实上，在这次事故中，唯有一位幸运儿逃过大难。此次航班先由洛杉矶飞到纽约，再在纽约起飞前往埃及。当飞机在纽约停留时，只有一名乘客下机，他便是埃航心理辅导员麦洛林。调查人员曾一度对他产生疑心，但对他进行问话后，排除了他与这宗空难有关的可能性。此外，还有一名埃及旅客阿巴扎，于5个星期前到纽约探望外孙，他原定乘坐990航班返回埃及，但女儿坚持要他多住一个星期，于是只好退了机票，岂料这一决定反而救了他一命。
无论造成事故的事实真相究竟如何，如果我们在维基百科上搜索这则空难，会发现事故类型已经归结于“蓄意坠毁”，似乎空难的原因已经盖棺论定。不过需要注意的一点是，维基百科是由维基媒体基金会负责维持的，而维基媒体是由Bomis公司的首席执行官吉米·威尔士在2003年6月20日正式宣布成立的。Bomis公司是美国的，吉米·威尔士也是美国人，简言之，维基百科是美国的，那么不难看出，对于这起事故原因的结论仍然值得怀疑。