通过染菌率的统计计算，对整个发酵系统和各个工艺环节进行染菌风险评估，分析染菌原因，提出相应的防治措施，是非常必要的。这对提高发酵工程企业的整体技术水平是至关重要的。
1.总染菌率
总染菌率的高低可反应发酵企业的整体技术水平的好坏。它是指发酵企业一年发酵染菌的批（次）数与总投料批（次）数之比，用百分率表示。染菌批（次）数应包括染菌后培养基经重新灭菌又再次染菌的批（次）数在内。这是习惯的计算方法，也是我国的统一计算方法。总染菌率＝发酵染菌批（次）数总投料批（次）数×100％2.设备染菌率
统计种子罐、发酵罐、空气净化系统及其他设备的染菌率，有利于查找因设备缺陷而造成的染菌原因。它反应的是企业的装备水平和设备管理能力。
3.不同工序的染菌率
对整个发酵过程的各个工艺环节，如空气净化系统、种子扩培系统、发酵系统等分别统计其染菌率，有助于查找染菌的原因，分清染菌责任，强化车间、工序管理。
4.操作染菌率
统计操作工的人为染菌率，一方面可以分析染菌原因，另一方面可以考核操作工的工作责任心和无菌操作技术水平。