发酵染菌的原因很多，但总体上可归纳为发酵工艺流程中的各环节漏洞和发酵过程管理不善两个方面。绝大部分罐批染菌的原因是比较清楚的，但在实际生产中发酵染菌率仍比较高，可以说产生这种现象大多数是由于操作人员在工作中“明知故犯”、“不负责任”和“存在侥幸心理”所造成的。例如，灭菌的蒸气压不足不能灭菌，设备有渗漏不能进罐等等都是众所周知的，但操作人员若因为有侥幸心理还是照样灭菌，进罐，结果以污染杂菌而告终。抗生素企业发酵染菌原因分析，造成染菌的主要原因有以下几个方面：

1.设备渗漏

设备渗漏包括夹套穿孔、盘管穿孔、接种管穿孔、阀门渗漏、搅拌轴渗漏、罐盖漏和其他设备漏等。从日本工业技术院发酵研究所对染菌原因分析发现，这类染菌占33.85％；浙江某抗生素制药厂的分析中，这类染菌为35.3％。因此，加强设备本身及附属零部件的维护检修及严密度检查，对防止染菌是极其重要的。

2.空气带菌

浙江某制药厂和日本工业技术院分析无菌空气系统染菌而造成的染菌分别为25.17％和19.96％。目前，国内外空气除菌技术虽已有较大改善，但仍然没有使染菌率降低到理想的程度。这是因为空气除菌系统较为复杂，环节多，偶有不慎便会导致空气除菌失败。

3.种子带菌

种子带菌又分为种子本身带菌和种子扩大培养过程中染菌。从日本工业技术院发酵研究所对染菌原因分析发现，这类染菌占9.64％；浙江某抗生素制药厂的分析中，这类染菌为13.75％。加强种子管理，严格执行无菌操作，种子本身带菌是可以克服的。种子培养过程染菌与发酵染菌一样是由许多因素造成的。

4.技术管理不善

从浙江某抗生素制药厂染菌原因分析发现，这类染菌占28.1％，是染菌的主要原因之一。对管理不善而染菌的主要原因分析中可以看出，技术管理不善的原因第一是生产设备维护检修验收制度不严，这部分原因占41.44％；第二是违章操作，占33.94％；第三是操作不熟练，占21.36％。技术管理要对发酵每个环节进行严格控制，稍有不慎就可能染菌，所以不能因有侥幸心理而放松管理。

5.不明原因的染菌

从日本工业技术院和浙江某制药厂分析发现，不明原因的染菌几率为25％～35％，这也说明，目前分析染菌原因的水平还有待于进一步提高。

综上所述，发酵染菌的原因是多种多样的。各生产企业由于生产装备、技术水平、管理水平等各方面的差异，发酵染菌的程度和原因也各不相同，要对发酵染菌进行正确判断存在一定的难度。

在实际生产过程中，可根据染菌情况做如下大致分析：

①单罐染菌：不是系统问题，而是该罐本身的问题，如操作失误，培养基灭菌不彻底，罐有渗漏，分过滤器失效等。

②多罐染菌：属系统问题，如空气过滤系统有问题，特别是总过滤器长期没有检查，可能受潮失效或滤膜穿孔；种子带菌；移种或补料的分配站有渗漏或灭菌不彻底等。

③前期染菌：如种子带菌，培养基灭菌不彻底等。

④中后期染菌：如补料的料液灭菌不彻底或补料管道、阀门渗漏等，一般不会是种子问题。