菌根是真菌与植物之间建立相互有利、互为条件的生理整体，并各有形态特征，这是真核生物之间共生的典型代表。菌根作用主要是扩大根系吸收面，增加对根毛吸收范围外的元素（特别是磷）的吸收能力。真菌的菌丝体既向根周土壤扩展，又与寄主植物组织相通，一方面从寄主中吸收糖类等有机物质作为营养，另一方面又从土壤中吸收养分、水分供给植物。凡能引起植物形成菌根的真菌称为菌根真菌，多属担子菌亚门，小部分属子囊菌亚门。菌根真菌的寄主有木本和草本植物约2000种。某些菌根具有合成生物活性物质的能力（如合成维生素、赤霉素、细胞分裂素、植物生长激素、酶类以及抗生素等），不仅能促进植物良好生长，而且能提高植物的抗病能力。

根据形态和解剖学的特征，可将菌根分为外生菌根、内生菌根、内外兼生菌根三大类。

①外生菌根（ectomycorrhizae）：

其特征是真菌菌丝不伸入根部细胞，真菌菌丝体紧密地包围植物幼嫩的根，形成菌套，有的向周围土壤伸出菌丝，代替根毛的作用。外生菌根的菌丝蔓延于根的外皮层细胞间，大部分生长于根外部。外生菌根在许多森林的树木根部常可被发现，如松柏类、栎树、银桦、木麻黄等，与之共生主要是担子菌亚门和子囊菌亚门的真菌。能产生外生菌根的真菌较多，有34科90余种，有40余科植物能产生此类菌根。

②内生菌根（endomycorrhizae）：

主要存在于根的皮层薄壁细胞之间，并且进入细胞内部，不形成菌套。这类真菌多属于藻状菌。它们侵入植物根后向细胞中伸出球形或分枝状的吸器，从根外表看不出有菌丝存在。具有内生菌根的植物，一般都保留着根毛。内生菌根在草本植物中较多，普遍存在于各种栽培作物中，如玉米、棉花、大豆、马铃薯等，兰科植物具有典型的内生菌根，许多木本植物如柏、雪松、红豆杉、核桃、白蜡、杨、槭、杜鹃、桑等的菌根也是此种类型。

③内外兼生菌根（ectoendomycorrhizae）：

是内生和外生菌根的过渡类型，其菌丝既可在根部周围形成菌丝鞘，也可侵入组织内部。通常认为无绝对的外生菌根，特别是木本植物的菌根在发育初期往往是内生菌根，至后期才形成菌丝鞘。内外兼生菌对其共生的真菌总体知之较少，主要分布于森林土壤中，且主要发生于松科、桦木属、杜鹃花科以及水晶兰科植物上。

菌根主要的功能在于：

①增强吸收养分的能力，尤其是磷肥，因为磷本身具有不溶解性，在土壤中常被固定，属较难移动的离子，当根系周围区域的磷耗尽出现养分缺乏时，菌根菌丝可伸至此区域外吸收；

②增进水分吸收能力以增强抗旱性；

③菌根可使植物产生植物激素，改变生理机能，植物激素产生于植物的生长点，菌根可促使植物增加生长点的数量，而这些植物激素也会影响植物气孔的传导功能，影响植物体内水分移动的状况；

④菌根菌的共生通常伴随益菌产生，这些益菌可预防病原菌的侵害，因为它们占据了根圈附近有利的生态地位，能阻隔病原菌的增生；

⑤真菌菌丝的分泌物使土壤粒子团粒化而改善了土壤结构，而当菌丝分解后，产生的有机物有利于土壤中分解菌的存活，使得整个土壤中微生物的组成达到动态平衡。