赖特把自己的建筑称作有机的建筑（Organic architecture），他有很多文章和讲演阐述他的理论。什么是有机建筑呢？下面是1953年庆祝赖特建筑活动60年的时候，他同记者谈话时所做的一段解释：
记者：你使用“有机”这个词，按你的意思，它和我说的现代建筑有什么不同吗？
赖特：非常不同。现代建筑不过是今天可以建造得起来的某种东西，或者任何东西。而有机建筑是一种由内而外的建筑，它的目标是整体性（entirety）。我说的有机，和谈到屠宰店里挂的东西时的用法不是一回事。
有机表示内在的（intrinsic）——哲学意义上的整体性，在这里，总体属于局部，局部属于总体；在这里，材料和目标的本质、整个活动的本质都像必然的事物一样，一清二楚。从这种本质出发，作为创造性的艺术家，你就得到了特定环境中的建筑的性格。
记者：知道你的意思了，那么你在设计一所住宅时都考虑些什么呢？
赖特：首先考虑住在里面的那个家庭的需要，这并不太容易，有时成功，有时失败。我努力使住宅具有一种协调的感觉（a sense of unity），一种结合的感觉，使它成为环境的一部分。如果成功（建筑师的努力），那么这所住宅除了在它所在的地点之外，不能设想放在任何别的地方。它是那个环境的一个优美部分，它给环境增加光彩，而不是损害它。
在另一个地方，赖特说有机建筑就是“自然的建筑”（a natural architecture）。他说自然界是有机的，建筑师应该从自然中得到启示，房屋应当像植物一样，是“地面上一个基本的和谐的要素，从属于自然环境，从地里长出来，迎着太阳”。有时，赖特又说有机建筑即是真实的建筑，“对任务和地点的性质、材料的性质和所服务的人都真实的建筑”。
1931年，赖特在一次讲演中提出51条解释，以说明他的有机建筑，其中包括“建筑是用结构表达观点的科学之艺术”“建筑是人的想象力驾驭材料和技术的凯歌”“建筑是体现在他自己的世界中的自我意识，有什么样的人，就有什么样的建筑”等。
赖特的建筑理论本身很散漫，说法又虚玄，他的有机建筑理论像是雾中的东西，叫人不易捉摸。而他却总说别人不懂得他，抱怨自己为世人所误解。
但有一点是清楚的，赖特对建筑的看法同勒·柯布西耶和密斯·凡·德·罗等人有明显区别，有的地方还是完全对立的。勒·柯布西耶说：“住宅是居住的机器”；赖特说：“建筑应该是自然的，要成为自然的一部分”。赖特最厌恶把建筑物弄成机器般的东西。他说：“好，现在椅子成了坐的机器，住宅是住的机器，人体是意志控制的工作机器，树木是出产水果的机器，植物是开花结子的机器，我还可以说，人心就是一个血泵，这不叫人骇怪吗？”勒·柯布西耶设计的萨伏伊别墅虽有大片的土地可用，却把房子架立在柱子上面，周围虽有很好的景色，却在屋顶上另设屋顶花园，还要用墙包起来。萨伏伊别墅以一副生硬的姿态同自然环境相对立，而赖特的流水别墅却同周围的自然密切结合。萨伏伊别墅可以放在别的地方，流水别墅则是那个特定地点的特定建筑。这两座别墅是两种不同建筑思想的产物，从两者的比较中，我们可以看出赖特有机建筑论的大致意向。
在20世纪20年代，勒·柯布西耶等人从建筑适应现代工业社会的条件和需要出发，抛弃传统建筑样式，形成追随汽车、轮船、厂房那样的建筑风格。赖特也反对袭用传统建筑样式，主张创造新建筑，但他的出发点不是为着现代工业化社会，相反，他喜爱并希望保持旧时以农业为主的社会生活方式，这是他的有机建筑论的思想基础。
赖特的青年时代在19世纪度过，那是惠特曼（W.Whitman，1819—1892，美国诗人）和马克·吐温（Mark Twain，1835—1910，美国作家）的时代。赖特的祖父和父辈在威斯康星州的山谷中耕种土地，他在农庄里长大，对农村和大自然有深厚的感情。他的“塔里埃森”就造在祖传的土地上，他在八十多岁的时候谈到这一点还兴奋地说：“在塔里埃森，我这第三代人又回到了土地上，在那块土地上发展和创造美好的事物”，对祖辈和土地的眷恋之情溢于言表。
赖特的这种感情引起他对20世纪美国社会生活方式的不满。他厌恶拜金主义、市侩哲学，也厌恶大城市。他自己不愿住在大城市里，还主张把美国首都搬到密西西比河中游去，他也反对把联合国总部放在纽约，主张建在人烟稀少的草原上。按照他的理想，城市居民每人应有1英亩土地从事农业。他始终是个重农主义者。虽然他大半生时间生活在20世纪，可是某些思想仍属于19世纪。他不满意美国的现实生活，经常发出愤世嫉俗的言论，他抱怨自己长时间没有得到美国社会的重视。
在建筑方面也是这样，他看不上别人的建筑，激烈地攻击20世纪20年代的欧洲新建筑运动，认为那些人把他开了头的新建筑引入了歧途。他挖苦说：“有机建筑抽掉灵魂就成了‘现代建筑’”“绦虫钻进有机建筑的肚肠里去了”。他对当代建筑一般采取否定的对立的态度。1953年在谈到美国建筑界时他说：“他们相信的每样东西我都反对，如果我对，他们就错了。”他说，世界上发生的变化对他都不起影响，“很不幸，我的工作也没有给这些变化以更多的影响。如果我的工作更好地被人理解，我本来可以对那些变化发挥有益的影响”“我的理想完全确定了，我选择了率直的傲慢寡合”。赖特后来虽然有了很大的名声，但他是个落落寡合的孤独者。
赖特的思想有些方面是开倒车的，他的社会理想不可能实现，他的建筑理想也不能普遍推行。他实际涉及的建筑领域其实很狭窄，主要是有钱人的小住宅和别墅，以及带特殊性的宗教和文化建筑。他设计的建筑绝大多数在郊区，地皮宽阔，造价优裕，允许他在建筑的形体空间上表现他的构思和意图。大量性的建筑类型和有关国计民生的建筑问题他很少触及。即使在资本主义社会中，他也是一个很突出的为少数人服务的建筑师，或者说，是一个为少数有特殊爱好的业主服务的建筑艺术家。
但在建筑艺术领域，赖特确有其独到的方面，他比别人更早地冲破了盒子式的建筑。他的建筑空间灵活多样，既有内外空间的交融流通，同时又具有幽静隐蔽的特色。他既运用新材料和新结构，又始终重视和发挥传统建筑材料的优点，并善于把两者结合起来。同自然环境的紧密配合则是他的建筑作品的最大特色。赖特的建筑使人觉着亲切而有深度，不像勒·柯布西耶的那样严峻而乖张。
在赖特的手中，小住宅和别墅这些历史悠久的建筑类型变得愈加丰富多样，他把这些建筑类型推进到一个新的水平。
赖特是20世纪建筑界的一个浪漫主义者和田园诗人。他的成就尽管不能到处被采用，但却是建筑史上的一笔珍贵财富。
1959年，赖特以89岁的高龄离开人世。