为了实现对工程活动方案的科学决策，工程经济学分析应遵循以下基本原则：

（一）穷尽备选方案原则

决策就是做出抉择，就是从两个或两个以上备选方案中选出最优方案。因此，形成尽可能多的备选方案是提高工程决策水平的基础。需要特别注意的是，在进行方案比选时，不要忘记“零方案”，即保持原有状态继续的方案，所谓“不干什么”或“无”项目方案（do-ing nothing）。如果打算对现有生产车间进行改造，提出了各种改造方案，经评价后发现，所提出的各种改造方案在经济上都是亏本的，如果忽略了“零方案”，就可能会选择亏得最少的方案实施，其实还有一种方案最优，那就是什么都不做。

（二）形成比较基础，着眼方案差异原则

所比选的方案之间必须具有可比性，比如服务年限可比、计算基础资料可比、设计深度可比、指标计算方法可比等。另外就是要着眼差异进行比选，比如功能相同的多个方案，可以只比较费用，费用小的方案优；费用完全相同的多个方案，可以只比较功能，功能高的方案优。着眼差异的另一个比选原则是增量（边际）分析原则，不需要考虑总量变化，只对增量投资和增量效益进行比较。

（三）选择恰当的成本费用数据原则

这里特别强调“机会成本”和“沉没成本”。机会成本是指在互斥方案选择中，选择其中一个方案而放弃其他方案时所放弃的最佳收益。比如，你有一间临街商铺，如果出租商铺，每年收益5万元，如果自己开服装店，每年可以收益8万元，如果自己开足疗店，每年可以收益10万元。那么，选择出租该商铺的机会成本就是10万元；选择自己开服装店的机会成本是10万元；选择自己开足疗店的机会成本是8万元。工程经济分析应以机会成本为依据。

“沉没成本”是指过去决策已经发生的、不可收回的成本。比如：你花30元买了一张电影票，假设不能退票，不管你是否看电影，30元均收不回来，这30元就是你当初决定买这张电影票的“沉没成本”。假如你看了一刻钟之后发现电影很糟糕，这时你有两种选择：为了已经付出的30元忍受着看完，或者退场去做别的事情，你会怎么选择呢？当然是退场去做别的事情而不考虑已经付出的30元“沉没成本”了。所以工程经济分析是不考虑“沉没成本”的。

（四）选择恰当的评价指标和评判标准原则

评价工程活动方案的经济指标有很多，这些评价指标从不同的角度对工程活动方案进行评价。比如对工程项目进行评价的指标包括反映项目盈利能力、偿债能力和财务生存能力的指标，同样一个项目如果只关注盈利能力是可行的，但如果只关注偿债能力可能就是不可行的，所以应根据项目评价的目的选择恰当的评价指标。评判标准的选择也很重要，比如反映项目盈利能力的指标财务内部收益率是7%，如果作为评判标准的基准收益率是8%，则该项目的盈利能力是不可行的，但随着经济增长的普遍放缓，作为评判标准的基准收益率下调到6%，则该项目从盈利能力的角度就又是可行的了。因此，我们要选择恰当的评价指标和评判标准进行工程经济分析和评价。

（五）充分揭示和估计不确定性的原则

在对各工程活动方案进行评价时，方案的相关基础数据是预测的数据，未来的实际数据可能在预测数据的基础上会上下波动，具有不确定性。在进行工程经济分析时，应对这种不确定可能造成的后果进行分析提示，使项目在“承受得起”的风险范围内实施。