在自然界中，细菌在多种元素的自然循环过程中起到较大作用，世界上许多矿物的迁移和矿床的形成与细菌的活动有关。部分坑道、尾矿坝、废石场中涌出大量酸性水，铜、铁呈离子状态进入酸性溶液中。如云南某矿山，从废石场中渗透出酸性水，从尾矿坝上渗透出酸性水，因为没有得到工业应用而污染环境，需要碱性物料进行中和。在多数堆浸工厂，能够自然产生、繁殖浸矿细菌，由于没有经过选育、驯化及变异培养，一般情况下，自然产生的菌种对硫化矿浸出速率较慢。

1762年西班牙人在RioTito矿区利用矿坑水浸出含铜黄铁矿，当时并不知道细菌所起的作用。在北宋时期，人们就知道用酸性水浸铜（胆水浸铜）。20世纪以来，世界上有许多矿山利用堆浸法从矿石或贫矿中回收铜，或在地下采矿区浸出低品位矿石，把含铜浸出液抽到地面的萃取-电积车间提取金属铜。1947年柯尔默（Colmer）首先发现矿坑中含有一种细菌，能够将Fe ²⁺ 氧化为Fe ³⁺ ，认为该类细菌对金属硫化物的氧化浸出过程及某些矿坑水之所以能呈酸性起着关键作用。1951年坦波尔（Pemple）和辛凯尔（Hinkle）从煤矿的酸性矿坑水中分离出一种能够氧化金属硫化矿的细菌，命名为氧化铁硫杆菌（ Thiobacillus ferrooxidans ）。1954年布莱涅（Buyner）等人从废石矿堆中流出的酸性水中分离出氧化铁硫杆菌。在实验室中利用该类细菌进行硫化铜矿石的浸出试验，证明该类细菌可以氧化硫化铜矿物。美国肯尼柯特（Kennecott）铜矿公司的尤它矿（Utah），首先利用该类细菌渗滤浸出硫化铜矿并取得成功，1958年取得这项技术的专利（细菌浸出首件专利）。

从1960年以后，细菌浸出硫化铜矿物技术逐渐应用于工业生产，美国部分铜矿利用细菌浸出技术从含铜废石中回收金属，从堆浸工艺中提高硫化铜矿石的浸出率。中国的紫金山铜矿、德兴铜矿等湿法冶金工厂使用细菌浸出技术大规模生产电积铜，使难以选别回收的矿石得到高效利用，提高了金属回收率，降低了吨铜硫酸单耗，成功实现了该技术的工业化应用。

近年来，矿物加工等专业的科研人员，在浸矿细菌的分离、驯化、培养等方面做了大量工作，分离出低温浸矿细菌、中温浸矿细菌及高温浸矿细菌；细菌浸出速度明显提高，浸出时间大幅缩短，应用范围不断扩大，工业化应用取得较大进展，细菌浸出在铜、金、银、铀、镍、钴、锌、锰等金属的提取方面的应用越来越广阔。