生态系统初级生产量测定的方法较多，如收割法、CO2同化法、黑白瓶法、放射性同位素示踪法、叶绿素测定法、pH测定法等。不同的方法可应用于不同类型生态系统初级生产量的研究，也各有优缺点。

1）收割法

该法常用于草原生态系统、农田生态系统和森林生态系统。用各种剪刀、锯子或斧子将一定面积的植被地上部分全部取下，将植物的各种器官（如茎、枝、叶、花、果实等各部分）分开，包装起来带回实验室，或在野外直接称其“鲜重”，或烘干后再称干重（在100℃烘箱中烘干1~2d）。注意：对于灌木以下的植物，精度应达到0.01g；称量时应去掉粘附的土壤等。

2）CO2同化法

该法常用于草原生态系统、农田生态系统，有时也用于森林生态系统。该法测定生态系统的初级生产量，应先建立一个封闭系统（将要测定的对象与外界大气系统隔绝），实验开始前先用CO2红外测定仪测得CO2浓度，经过一段时间（实验时间根据实验对象特点和实验要求而定）的光合作用，再测封闭系统内的CO2浓度，其中减少的CO2已经被固定在植物体内的有机物中。

3）黑白瓶法

该法常用于水域生态系统中浮游植物初级生产量的测定。