3.亲和层析
亲和层析是利用蛋白质分子对其配体分子特有的识别能力（即生物学亲和力）建立起来的一种有效的纯化方法。其属于吸附层析，依赖于蛋白质及其配体（ligand）之间的相互作用来分离。配体通常指的是能与另一个分子或原子结合（一般是非共价结合）的分子、基团、离子或原子。但在亲和层析中，配体是通过共价键先与基质结合，配体可以是酶结合的一个反应物或产物，或是一种可以识别靶蛋白的抗体。通常只需一步处理即可将某种所需蛋白质从复杂混合物中分离出来，纯度相当高。
当蛋白质混合物通过装有配体的基质的亲和层析柱时，只有靶蛋白可以特异地与基质结合，而其他没有结合的蛋白质首先被洗脱下来。特异结合在基质上的靶蛋白最后可以用含有高浓度自由配体的溶剂洗脱。亲和层析纯化过程简单、迅速，且分离效率高。对分离含量极少又不稳定的活性物质尤为有效。但本法必须针对某一分离对象，制备专一的配基和寻求层析的稳定条件，因此亲和层析的应用范围受到了一定的限制。