天然食品添加剂和人工合成食品添加剂的区别是来源不同，而非安全性高低。
在我国，一个物质，无论是天然的还是人工合成的，如果要想成为食品添加剂，必须经过一系列的安全性评价程序和审批程序，GB15193.1《食品安全国家标准，食品安全性毒理学评价程序》详细地描述了评价的原则（详见第14问），基本上是根据物质的来源、化学结构、国际上的注册和使用情况、毒理学资料的完整性来评价一种物质是否能够成为食品添加剂，然后在此前提下制定该添加剂的每日允许摄入量（acceptable daily intake，ADI）、最大使用量（或残留限量）和能够用于的食品。
根据以上原则，在我国已注册的食品添加剂按照国家规定的限量和范围使用都是安全的，天然的和人工合成的添加剂在安全性上没有差别。